1、無(wú)機(jī)片基和有機(jī)合成物片基的基因芯片
以基因芯片的片基或支持物的不同可以分為無(wú)機(jī)片基和有機(jī)合成物片基，前者主要有半導(dǎo)體硅片和玻璃片等，其上的探針主要以原位聚合的方法合成；后者主要有特定孔徑的硝酸纖維膜和尼龍膜，其上的探針主要是預(yù)先合成后通過(guò)特殊的微量點(diǎn)樣裝置或儀器滴加到片基上。另有以聚丙烯膜支持物用傳統(tǒng)的亞磷酰胺固相法原位合成高密度探針序列。
2、原位合成和預(yù)先合成然后點(diǎn)樣的基因芯片
以探針陣列的形式分為原位合成與預(yù)先合成然后點(diǎn)樣兩種。芯片制備的原理是利用照相平板印刷技術(shù)將探針排列的序列即陣列圖"印"到支持物上，在這些陣列點(diǎn)上結(jié)合上專(zhuān)一的化學(xué)基因。原位合成主要是指光引導(dǎo)合成技術(shù)，該技術(shù)是照相平板印刷技術(shù)與固相合成技術(shù)、計(jì)算機(jī)技術(shù)以及分子生物學(xué)等多學(xué)科相互滲透的結(jié)果。預(yù)先合成然后點(diǎn)樣法在多聚物的設(shè)計(jì)方面與前者相似，合成工作用傳統(tǒng)的DNA 合成儀進(jìn)行。合成后再用特殊的點(diǎn)樣裝置將其以較高密度分布于硝酸纖維膜或經(jīng)過(guò)處理的玻片上。
3、基因表達(dá)芯片和DNA測(cè)序芯片
根據(jù)芯片的功能可分為基因表達(dá)譜芯片和DNA測(cè)序芯片兩類(lèi)。基因表達(dá)芯片可以將克隆到的成千上萬(wàn)個(gè)基因特異的探針或其cDNA片段固定在一塊DNA芯片上，對(duì)來(lái)源于不同的個(gè)體(正常人與患者)、組織、細(xì)胞周期、發(fā)育階段、分化階段、病變、刺激(包括不同誘導(dǎo)、不同治療手段)下的細(xì)胞內(nèi)mRNA或反轉(zhuǎn)錄后產(chǎn)生的cDNA進(jìn)行檢測(cè)，從而對(duì)這些基因表達(dá)的個(gè)體特異性、組織特異性、發(fā)育階段特異性、分化階段特異性、病變特異性、刺激特異性進(jìn)行綜合的分析和判斷，迅速將某個(gè)或幾個(gè)基因與疾病聯(lián)系起來(lái)，極大地加快這些基因功能的確定，同時(shí)可進(jìn)一步研究基因與基因間相互作用的關(guān)系。DNA 測(cè)序芯片則是基于雜交測(cè)序發(fā)展起來(lái)的。其原理是，任何線狀的單鏈DNA或RNA序列均可分解成 一系列堿基數(shù)固定、錯(cuò)落而重疊的寡核苷酸，又稱(chēng)亞序列(subsequence)，假如我們能把原序列所有這些錯(cuò)落重疊的亞序列全部檢測(cè)出來(lái)，就可據(jù)此重新組建出原序列。
另外也可根據(jù)所用探針的類(lèi)型不同分為cDNA微陣列(或cDNA微陣列芯片)和寡核苷酸陣列(或芯片)，根據(jù)應(yīng)用領(lǐng)域不同而制備的專(zhuān)用芯片如毒理學(xué)芯片(Toxchip)、病毒檢測(cè)芯片(如肝炎病毒檢測(cè)芯片)、P53基因檢測(cè)芯片等。
又可以按生物化學(xué)反應(yīng)過(guò)程分：
通常的生物化學(xué)反應(yīng)過(guò)程包括三步，即樣品的制備，生化反應(yīng)、結(jié)果的檢測(cè)和分析。可將這三步不同步驟集成為不同用途的生物芯片，所以據(jù)此可將生物芯片分為不同的類(lèi)型。例如用于樣品制備的生物芯片，生化反應(yīng)生物芯片及各種檢測(cè)用生物芯片等。
