認證機構(gòu)作為第三方認證的基本程序一般包括三個階段：認證資料審核受理、現(xiàn)場審核、糾正措施及跟蹤、認證審核報告、認證后的監(jiān)督。

    企業(yè)根據(jù)自己的實際情況，按照規(guī)定提出認證申請，填寫《HACCP體系認證申請書》。在提出申請的同時應(yīng)按認證機構(gòu)的要求提交相關(guān)資料。認證機構(gòu)對申請企業(yè)所遞交的資料進行初步審核，決定是否受理其認證申請。認證文件資料的審核簡稱文審。文審是進行現(xiàn)場審核的基礎(chǔ)。經(jīng)資料初審可接受申請的，雙方須簽訂認證合同，不予受理認證的，認證機構(gòu)應(yīng)發(fā)放不予接受申請的通知書。
簽訂認證合同后，認證機構(gòu)組建審核小組，進入資料技術(shù)審核階段。文件資料審核主要是對其符合性、系統(tǒng)性、充分性、適宜性、協(xié)調(diào)性進行的審核。根據(jù)審核情況，決定是否赴企業(yè)進行初訪，初步了解企業(yè)HACCP體系運作情況，為審核的可靠性收集信息。在文件資料審核、初訪的基礎(chǔ)上，編制HACCP體系現(xiàn)場審核計劃。

    審核組由組長、審核員、專業(yè)審核員組成，組內(nèi)至少配備一名有相關(guān)專業(yè)能力的成員。  審核組要參加企業(yè)的見面會，按計劃或方案進行現(xiàn)場審核。通過現(xiàn)場觀察、記錄審查、提問  抽查等方法，應(yīng)對現(xiàn)場審核提出評審意見，歸結(jié)審核證據(jù)，溝通審核結(jié)果，編寫認證審核報告。

    審核結(jié)論包括三種情況：推薦認證通過；推遲認證通過；不推薦認證通過。
在HACCP的認證過程中，糾正措施一般有現(xiàn)場跟蹤驗證；對糾正措施的實施記錄追蹤檢查；對糾正措施實施方案的跟蹤。要求三個月內(nèi)完成糾正措施。
根據(jù)《認證機構(gòu)實施HACCP質(zhì)量體系認證的認可基本（試行）》的規(guī)定，認證機構(gòu)需每年組織全部體系進行一次復(fù)評，復(fù)評至少包括一次文件審查和一次現(xiàn)場審核。認證機構(gòu)可對獲證企業(yè)進行監(jiān)督審核，通常為半年一次，監(jiān)督企業(yè)實施HACCP體系。

    2001年，按照國務(wù)院的授權(quán)，認證認可管理職能交給國家認證可監(jiān)督管理委員會承擔(dān)，HACCP體系認證工作實行了依法管理。2002年5月，我國強制性要求六類產(chǎn)品生產(chǎn)出口企業(yè)，即生產(chǎn)水產(chǎn)品、肉及肉制品、速凍蔬菜、果蔬汁、含肉及水產(chǎn)品的速凍食品、罐頭產(chǎn)品的企業(yè)實施HACCP體系，這一要求標(biāo)志著我國在食品企業(yè)應(yīng)用HACCP體系進入了強制性實施階段。