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專業(yè)從事有機食品知識培訓和有機食品認證的國家環(huán)境保護總局有機食品發(fā)展中心的總工程師邰崇妹副研究員認為，在有機食品加工過程中，對食品添加劑等配料的使用，應嚴格遵守相應的有機食品法規(guī)、掌握使用要點。
Ø 加工所用的配料必須經(jīng)過許可
有機食品加工所用的配料必須是經(jīng)過認證的有機原料、天然的或認證機構(gòu)許可使用的。這些有機配料在終產(chǎn)品中所占的重量或體積不得少于配料總量的95％。當有機配料無法滿足需求時，允許使用非人工合成的常規(guī)配料，但不得超過所有配料總量的5％。一旦有條件獲得有機配料時，應立即使用有機配料替換。使用了非有機配料的加工廠都必須提交將其配料轉(zhuǎn)換為100％有機配料的計劃。
允許在加工中使用少量的非有機配料，但不能是人工合成的禁用物質(zhì)，當然也不能是轉(zhuǎn)基因工程的產(chǎn)品。只有獲得認證的有機原料（也包括獲得認證的天然配料或認證機構(gòu)許可使用的少量添加劑等配料）在終產(chǎn)品中所占的重量或體積比率大于95％以上，并且是由認證機構(gòu)認可的設施加工和包裝的食品，才可以使用有機認證標志。
有機加工企業(yè)不能心安理得地長期使用非有機配料。每一個有機加工者都應該為實現(xiàn)其產(chǎn)品的有機完整性做出努力；否則，一旦今后有機法規(guī)修改，不再允許使用非有機配料，或者同類有機食品的市場競爭加劇時，使用非有機配料的企業(yè)就會變得十分被動。例如，某加工廠由于當年無法獲得經(jīng)過認證的有機白砂糖，因而在其終產(chǎn)品中含有3％的常規(guī)白砂糖，該產(chǎn)品根據(jù)標準通過了有機認證；但由于有其他同行的加工廠生產(chǎn)出了100％有機成分的同類產(chǎn)品，且也獲得了有機認證，那么，前者的市場競爭力就明顯不如后者，或者其產(chǎn)品價格就可能會明顯降低。同時，從堅持有機完整性的角度考慮，100％有機原料也是所有有機從業(yè)者的追求目標。
Ø 同一配料不能并存幾種形態(tài)
在有機食品加工所用的配料中，同一種配料禁止同時含有有機、常規(guī)或轉(zhuǎn)換成分。
既然可以得到有機配料，就不應該再使用非有機的同一種配料，本來只允許最多有5％的非有機配料存在，與95％的有機原料相比，這應該是一種小量的配料，既然能夠得到這種有機配料，就應該全部使用有機的，這也是保證產(chǎn)品有機完整性的要求。例如，制造某種豆制品需要100噸大豆原料，如果只能買到96噸有機大豆，于是，加工廠就用了4噸轉(zhuǎn)換期大豆或常規(guī)大豆，這樣做是違反有機食品標準的；在這種情況下，加工者只要不使用這4噸轉(zhuǎn)換期大豆或常規(guī)大豆，減少一點豆制品的產(chǎn)量，就可以滿足有機食品標準的要求。對于小比例配料的要求，也是如此。
Ø 水和鹽不計入有機加工的配料
作為配料的水和食用鹽，必須符合國家食品衛(wèi)生標準，但二者不計入有機加工的配料。
只要加工將用的水符合國家相關食品標準，就可以在有機加工中使用。某些有機飲品中的水分占了很大比例，如果將水計入總量，勢必不能反映有機食品各類成分的真實比例，因此，不能將水計入有機配料的總量。在計算有機配料比例時，應扣除水和鹽的重量。例如，一種有機飲料由90％的水、5％的有機水果原汁和5％的常規(guī)糖配制加工而成，由于水不能計入配料，該產(chǎn)品的實際配料比是有機配料與常規(guī)配料各占50％，所以，這樣的產(chǎn)品是不能被認證為有機飲料的。
再如，一種油汆花生產(chǎn)品中有94％的有機花生、4％常規(guī)棕櫚油和2％的食鹽，如果將食鹽計入配料，則該產(chǎn)品就不符合95％有機配料的要求。但由于食鹽不計入配料，所以，有機花生占配料的實際比例是95.9％，因此，該產(chǎn)品可以被認證為有機食品。
根據(jù)有機食品標準，任何形式的水（包括礦泉水、純凈水、地下水等）和食鹽都不應該被納入有機認證之列。
Ø 嚴格限用營養(yǎng)強化劑
禁止使用礦物質(zhì)、維生素、氨基酸和其他從動植物中人工分離的純物質(zhì)，法律規(guī)定必須使用或可證明食物營養(yǎng)成分中嚴重缺乏的例外。
這條規(guī)定允許有例外情況，但不可利用這個例外規(guī)則在有機食品加工中隨意或大量使用維生素等物質(zhì)，因為，其前提是“法律規(guī)定”或“嚴重缺乏”；如果不能提供法律規(guī)定文件，或不能證明嚴重缺乏，則添加上述物質(zhì)就是違反規(guī)定的行為，這樣加工出來的食品不能獲得有機認證。
例如，對于市場上流行的富硒米等產(chǎn)品，除非是從天然富含硒的土壤上生產(chǎn)出來的產(chǎn)品；否則，即使大米或其他糧食產(chǎn)品是按照有機標準加工出來的，這些添加了人工合成的物質(zhì)的食品也不能通過有機認證。
不過，有機食品標準并沒有禁止使用天然來源的礦物質(zhì)和維生素；當然，這要符合上述的“例外原則”。
Ø 禁止使用轉(zhuǎn)基因配料
在有機食品加工過程中，禁止使用來自轉(zhuǎn)基因的配料、添加劑和加工助劑。
對于基因工程技術(shù)及其產(chǎn)物的生物安全性問題，學術(shù)界的爭論一直沒有停止，反而有愈演愈烈的趨勢。目前，在基因工程產(chǎn)物對人類、生態(tài)和環(huán)境的影響方面的討論尚沒有結(jié)果，在許多消費者對基因產(chǎn)品安全性存有疑慮的情況下，世界各國的有機認證機構(gòu)都把基因工程技術(shù)及其產(chǎn)物排除在有機認證的范疇之外。因此，有機食品加工企業(yè)如欲在加工中使用未被列入標準允許或限制使用物質(zhì)表中的物質(zhì)，必須首先征得認證機構(gòu)的認可，并提供相關的說明和證明材料，特別要證明不存在與基因工程技術(shù)或其產(chǎn)物有關聯(lián)的問題。
在有機食品加工中，應十分注意原料的轉(zhuǎn)基因問題，尤其是從事來料加工的有機加工企業(yè)，一定要在看到原料的有機認證證書及有機原料的非轉(zhuǎn)基因證明后，才可接受原料。
除原料外，最容易存在轉(zhuǎn)基因問題的是加工中使用的微生物制劑，如添加的酶、曲等�，F(xiàn)在，在這類產(chǎn)品的生產(chǎn)中，使用生物技術(shù)相當普及，因此，需要特別加以注意，謹防錯用、誤用，從而導致前功盡棄的后果。
對于為有機農(nóng)業(yè)服務的生產(chǎn)資料，如微生物肥料、微生物農(nóng)藥等產(chǎn)品的生產(chǎn)，也應充分注意其中可能存在的轉(zhuǎn)基因物質(zhì)和技術(shù)問題。
Ø 出口的有機食品應符合進口國的標準
據(jù)國家環(huán)境保護總局有機食品發(fā)展中心的邰崇妹副研究員稱，對于需要出口的有機食品等有機產(chǎn)品，還必須了解進口國對有機產(chǎn)品的標準和要求。例如，日本的有機JAS標準規(guī)定，在有機生產(chǎn)或加工過程中不允許使用碳酸氫鉀；美國允許在加工過程中使用過氧化氫，歐盟則禁止使用；歐盟允許在加工中使用活性炭，而美國則不允許。出口的有機產(chǎn)品，必須在遵守我國有機產(chǎn)品認證標準的同時，也符合進口國和地區(qū)的相關有機標準。
