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HPLC系統(tǒng)內部可能的污染物來自人的觸摸，暴露在實驗室化學環(huán)境，與零部件制造相關的殘留物，或來自先前的流動相和樣品的殘余物。雖然HPLC系統(tǒng)自身也會逐步地被流動相清洗，但某些釋放出的雜質會吸附在色譜柱上以及檢測器潤濕的表面上，因而會降低總的性能。
•磷酸清洗：通常用于從系統(tǒng)中除去有機雜質�？赡苁怯捎谙礈熳饔�，它似乎比強有機溶劑更好也更快。這一步清洗必須在硝酸鈍化之前完成。
•硝酸鈍化：實際上是作用于不銹鋼表面，在表面上生成均勻的氧化層。這層氧化膜保護不銹鋼免受腐蝕(鹵化物，螯合劑，等等)并且盡量減少浸出的金屬離子進入流動相。
以下應用需要在使用前做磷酸清洗和硝酸鈍化，包括：
•所有的氨基酸分析系統(tǒng)；
•所有包含電化學檢測器的系統(tǒng)；
•所有要分析無機陽離子，包括過渡金屬的系統(tǒng)；
•所有利用柱后添加衍生試劑或絡合樣品組分的系統(tǒng)。
以下應用需要在使用前只做磷酸清洗，包括：
•所有常規(guī)用途的、可能在低pH環(huán)境下在低紫外檢測波長下運行的HPLC系統(tǒng)；
•所有需要高靈敏度性能的梯度紫外檢測系統(tǒng)。
一準備工作
首先，摘下色譜柱，用兩通或接頭取代色譜柱。在實行這一清洗步驟時，如果有可能選擇監(jiān)測的紫外波長為：254nm。通過軟件或移去電纜的方式取消紫外檢測器的自動回零功能。
二具體步驟
1、用甲醇徹底沖洗系統(tǒng)，以等比例方式通過泵的所有管路。
2、用水徹底沖洗系統(tǒng)，以等比例方式通過泵的所有管路。
3、以等比例方式通過泵的所有管路導入～30%v/v磷酸水溶液。以1mL/min流速洗大約一個小時。在沖洗期間活動所有的閥，包括：參比閥、進樣閥及旁路閥等等。
4.用水徹底沖洗所有管路和系統(tǒng)。
必要時用6N硝酸(HN03)重復以上步驟。否則，跳到第7步。注意：硝酸是一個強紫外吸收溶液。除非絕對需要，不要做鈍化程序。
5.以等比例方式通過泵的所有管路導人6N硝酸水溶液(大約是40%)。以1mL/min流速洗大約一個小時。
6.用水徹底沖洗系統(tǒng)，仔細檢查是否有任何滲漏，在沖洗期間反復活動所有的閥，包括：參比閥、進樣閥及旁路閥等等。
注意：如果你要用低于270nm的紫外波長作檢測，則需要更大量水的清洗過程，不斷的換新鮮水并活動各個閥(沖洗進樣器，等)以便從系統(tǒng)中除去所有的痕量硝酸根離子。硝酸清洗后經(jīng)常在幾天之內都會觀察到在低紫外波長下有負的基線漂移。勤換水和有耐心是盡快消除紫外本底的關鍵。
7.返回到甲醇洗，然后繼續(xù)用實驗所需的溶劑沖洗。
8.通過軟件或接上電纜的方式重新使紫外檢測器的自動回零功能恢復。