首先，因?yàn)橛袡C(jī)肥料總養(yǎng)分的含量比較低，市場上一些肥料一般氮磷鉀總養(yǎng)分含量比較容易達(dá)到要求，但有機(jī)質(zhì)的含量卻多有不合格。
第二，有機(jī)肥料是一種益于加工、制作的肥料，因此有相當(dāng)一部分規(guī)模較小的企業(yè)進(jìn)行了手工作坊式生產(chǎn)，這樣的有機(jī)肥料產(chǎn)品質(zhì)量難以得到保證。
第三，有機(jī)肥包裝標(biāo)識常常出現(xiàn)一些誤導(dǎo)，如一些假冒偽劣肥料，通常都以有機(jī)肥料的形式供應(yīng)給農(nóng)民，甚至有有機(jī)尿素等假冒偽劣肥料的出現(xiàn)。
另外，農(nóng)民朋友要特別注意，不要使用由城市垃圾、污泥等廢棄物制作的肥料。通常比較正規(guī)的有機(jī)肥料是由動植物殘體及其排泄物制成的，也就是豬糞、雞糞、牛糞等經(jīng)過發(fā)酵加工制成的。