一、自理報關
自理報關企業(yè)進行網(wǎng)上錄入、申報、查詢、打印報關單，以及網(wǎng)上查詢海關回執(zhí)等操作。
業(yè)務流程：
1、自理報關單位錄入業(yè)務流程：
(1)、自理報關單位持“報關單錄入”權操作員卡的操作員進入中國電子口岸“報關單錄入”界面，可先下載本企業(yè)征免稅證明、加工貿(mào)易手冊或加工區(qū)備案清單后，脫機錄入報關單數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)暫存在本地數(shù)據(jù)庫)；
(2)、錄入并提交后將錄入的報關單數(shù)據(jù)信息上載到數(shù)據(jù)中心，進入自理報關審核申報業(yè)務流程；
2、自理報關審核申報業(yè)務流程：
自理報關單位持“報關單審核申報”權操作員卡的操作員進入中國電子口岸的“報關單審核申報”界面，對報關單的邏輯性、填報的規(guī)范性進行審核，確保報關單可以向海關進行申報。若審核不通過，則需要將報關單下載本地進行修改，修改后的報關單需重新上載到數(shù)據(jù)中心，并且需要重新進行審核。審核通過后進入自理報關申報確認業(yè)務流程；
3、自理報關申報確認業(yè)務流程：
(1)、自理報關單位持“報關單申報確認”權操作員卡的企業(yè)管理人員進入中國電子口岸“報關單申報確認”界面，對報關單進行確認申報操作，經(jīng)“申報確認”后的報關單通過公共數(shù)據(jù)中心傳海關內(nèi)部網(wǎng)。
如果申報確認時認為報關單的填制不符合邏輯，需要將報關單數(shù)據(jù)下載到本地進行修改，修改完畢之后需要將數(shù)據(jù)重新上載到數(shù)據(jù)中心，并且重新進行審核和申報確認。
(2)、自理報關單位打印出經(jīng)海關審核通過的報關單，并攜帶其他單證去海關辦理其他通關手續(xù)。
二、委托報關
受理委托報關的單位有：
1、專門從事報關服務的企業(yè)，即專業(yè)報關企業(yè)；
2、對外貿(mào)易倉儲、國際運輸工具、國際運輸工具服務及代理等業(yè)務，兼營報關服務業(yè)務的企業(yè)，即代理報關企業(yè)。
受理委托報關的單位代理辦理的報關手續(xù)，包括：報關單錄入時的備案數(shù)據(jù)下載協(xié)議、報關單審核委托書、報關單申報委托書或報關單審核申報和申報確認委托書。并向海關出具委托單位的報關委托書。
報關單錄入\申報子系統(tǒng)提供進出口單位通過網(wǎng)上填寫申報委托書或者備案數(shù)據(jù)下載協(xié)議，委托有權代理報關業(yè)務的單位代其辦理某項報關業(yè)務，如：報關單錄入、報關單審核、報關單申報或報關單審核和申報。有權進行代理報關業(yè)務的單位可在網(wǎng)上 接受并確認委托單位的報關委托申請，并在備案數(shù)據(jù)下載協(xié)議和報關委托書的授權范圍內(nèi)代理委托單位網(wǎng)上辦理相應的報關業(yè)務。
委托報關網(wǎng)上業(yè)務流程(在進行此項操作前必須先按照網(wǎng)上報關委托業(yè)務的流程建立委托關系)：
1、 代理報關單錄入業(yè)務流程：
(1)、代理報關單位持“報關單錄入權”操作員卡的操作員進入中國電子口岸“報關單錄入”界面，在備案數(shù)據(jù)下載協(xié)議的授權范圍內(nèi)下載本委托單位的征免稅證明、加工貿(mào)易手冊或加工區(qū)備案清單后，脫機錄入報關單數(shù)據(jù)(數(shù) 據(jù)暫存在本地數(shù)據(jù)庫)；
(2)、錄入并提交后將錄入的報關單數(shù)據(jù)信息上載到數(shù)據(jù)中心；
2、代理報關審核申報業(yè)務流程： 代理報關單位持“報關單審核申報”權操作員卡的操作員進入中國電子口岸的“報關單審核申報”界面，對報關單的邏輯性、填報的規(guī)范性進行審核，確保報關單可以向海關進行申報。則需要將報關單下載本地進行修改，修改后的報關單需重新上載到數(shù)據(jù)中心，并且需要重新進行審核。審核通過后進入自理報關申報確認業(yè)務流程；
3、代理報關申報確認業(yè)務流程：
(1)、代理報關單位持具“報關單申報確認”權操作員卡的企業(yè)管理人員進入中國電子口岸“報關單申報確認”界面，對報關單進行確認申報操作，經(jīng)“申報確認”后的報關單通過公共數(shù)據(jù)中心傳海關內(nèi)部網(wǎng)。如果申報確認時認為報關單的填制不符合邏輯，需要將報關單數(shù)據(jù)下載到本地進行修改，修改完畢之后需要將數(shù)據(jù)重新上載到數(shù)據(jù)中心，并且重新進行審核和申報確認。
(2)、代理報關單位打印出經(jīng)海關審核通過的報關單，并攜帶其他單證去海關辦理其他通關手續(xù)。
三、轉(zhuǎn)關運輸提前錄入、申報業(yè)務
報關單錄入、申報子系統(tǒng)提供自理報關企業(yè)、專業(yè)報關企業(yè)、代理報關企業(yè)網(wǎng)上辦理所需的轉(zhuǎn)關運輸提前錄入、 申報業(yè)務，但代理報關企業(yè)、專業(yè)報關企業(yè)應用該系統(tǒng)進行轉(zhuǎn)關運輸報關單、轉(zhuǎn)關運輸申報單的提前錄入、申報時，必須事先通過本系統(tǒng)與委托方簽定委托報關協(xié)議。
網(wǎng)上轉(zhuǎn)關運輸錄入、申報業(yè)務流程：
1、自理報關企業(yè)轉(zhuǎn)關運輸錄入、申報網(wǎng)上業(yè)務流程：與網(wǎng)上自理報關業(yè)務流程類同；
2、代理報關企業(yè)轉(zhuǎn)關運輸錄入、申報網(wǎng)上業(yè)務流程：與委托報關業(yè)務網(wǎng)上流程類同；
四、報關單清單錄入申報業(yè)務
報關單清單錄入\申報子系統(tǒng)提供給IT企業(yè)或其他需要報關單清單業(yè)務的企業(yè)，其主要功能包括：報關單清單錄入、申報；報關單清單的綜合查詢；海關回執(zhí)的查詢等。
網(wǎng)上報關單清單業(yè)務流程：
1、報關單清單單位的錄入員進入中國電子口岸“報關清單”頁面，下載備案數(shù)據(jù)后，脫機錄入報關單清單，錄入完畢，將所錄的報關單清單數(shù)據(jù)信息上載到數(shù)據(jù)中心；
2、報關單清單單位的操作員持有操作員卡進入中國電子口岸“報關清單”頁面，查詢所上載報關單清單的回執(zhí)信息。如該報關單清單回執(zhí)狀態(tài)為已通過，則下載已通過的報關單清單，以進行報關單的操作。