細(xì)菌細(xì)胞主要由細(xì)胞壁、細(xì)胞質(zhì)膜、細(xì)胞質(zhì)、核質(zhì)及內(nèi)含物等構(gòu)成。細(xì)菌細(xì)胞壁的重要成分是肽聚糖，而不含纖維素和幾丁質(zhì)。細(xì)菌沒有真正的細(xì)胞核，核質(zhì)分散于細(xì)胞質(zhì)中，稱為原核。
多數(shù)細(xì)菌在一定條件下，細(xì)胞壁周圍包被著一層粘性的薄膜，稱為莢膜。莢膜是一層透明的膠狀物質(zhì)，由多糖類物質(zhì)組成，具有保護(hù)作用。
有些種類的細(xì)菌生長(zhǎng)到某個(gè)階段，菌體失去水分濃縮成1個(gè)橢圓形的內(nèi)生孢子，稱為芽孢。芽孢的壁很厚，滲透性很弱，含水少能抵抗不良環(huán)境，可生存十幾年，遇到適宜環(huán)境條件，再發(fā)生成1個(gè)新的菌體。
螺旋菌和某些桿菌具有鞭毛，鞭毛是一種從細(xì)胞質(zhì)膜上長(zhǎng)出并穿過細(xì)胞壁的細(xì)絲，是細(xì)菌的運(yùn)動(dòng)工具。