果樹(shù)所指的種子，有時(shí)是指果實(shí)，如栗、核桃、榛；有時(shí)把內(nèi)果皮包括在內(nèi)，如桃、杏、梅、棗、油橄欖等；有時(shí)僅指種子的一部分，如石榴。
種子是營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的貯藏器官，一般含有淀粉、糖類、脂肪、蛋白質(zhì)和礦物質(zhì)等。果樹(shù)多數(shù)為異交作物，種子繁殖常發(fā)生變異，因此主要用以繁殖砧木或供實(shí)生選種。
果樹(shù)種子一般經(jīng)歷生理成熟和形態(tài)成熟兩個(gè)階段。生理成熟是指胚已成熟，具備發(fā)芽能力，但其內(nèi)部營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)尚處于易溶狀態(tài)，含水量高，種皮易失水，有機(jī)物也易滲出，易受微生物侵染，此時(shí)播種容易發(fā)霉、腐爛。生理成熟后，種皮、胚逐步完成其發(fā)育，水分減少，所含營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)轉(zhuǎn)化成淀粉、蛋白質(zhì)或脂肪，成為不溶性物質(zhì)，生理生化作用減弱，種皮不斷致密變褐，不易失水、滲溶和霉?fàn)�，進(jìn)入形態(tài)成熟階段。
多數(shù)溫帶果樹(shù)和種子在形態(tài)成熟后，進(jìn)入生理休眠階段。影響種子休眠的因素：
①果皮或種皮堅(jiān)硬，密封性好，或含有蠟質(zhì)或革質(zhì)化，使水、氣不易通過(guò)，可以較長(zhǎng)期保存。
②種胚需要繼續(xù)發(fā)育，如銀杏種子從母體脫落時(shí)，種胚尚小，需經(jīng)數(shù)月才能充分成長(zhǎng)，才具萌發(fā)力，油棕則需幾年的后續(xù)發(fā)育。
③在生理生化上成熟過(guò)程的逆轉(zhuǎn)，需要一定的積溫。