著絲粒距離 centromere distance 指在染色體圖上某基因與著絲粒之間的距離。在子囊胞子成直線排列于子囊內(nèi)的某種鏈孢菌中，因為由減數(shù)第二次分裂所產(chǎn)生的子細胞排列在子囊的一端，所以，根據(jù)四分體分析可以區(qū)別減數(shù)第一次分裂分離和減數(shù)第二次分裂分離。就以 和a這一對基因來說，四分體的排列若成為（ ， ，a，a）或者（a，a， ， ）的，則為第一次分裂分離，若成為（ ，a， ，a），（a， ，a， ），（ 、a，a， ），（a， ， ，a），則為第二次分裂分離。第二次分裂分離是由于該基因和著絲粒之間的重組而產(chǎn)生的。因此該基因的著絲粒距離可以以第二次分裂分離的子囊出現(xiàn)率（％）的1／2進行計算。即使在四分體不是成直線排列的鏈孢菌中，如果用緊貼著絲粒的基因（著絲粒標(biāo)記centromere marker）時，那么四型的出現(xiàn)頻率就成為第二次分裂分離的頻率，并決定著絲粒距離，另外已知在未靠近著絲粒的適當(dāng)基因的情況下，還有一種大概計算著絲粒距離的方法。