生物的分類是根據(jù)生物對象的異同點為基礎(chǔ)而進(jìn)行的，因此分類學(xué)家重視采用形態(tài)比較的分類法常有內(nèi)在的變動性。這就意味著分類常具有鑒定上的一面。在動植物方面以系統(tǒng)發(fā)生為基礎(chǔ)的分類法早已確立，同時在以DNA分子堿基對相同性為指標(biāo)的鑒定也支持了這種分類的正確性。細(xì)菌和病毒的分類可根據(jù)DNA堿基對的相同性進(jìn)行某種程度的分類，可是統(tǒng)一在系統(tǒng)發(fā)生的分類是不可能的。所以病毒的分類就不是以系統(tǒng)發(fā)生階段為基礎(chǔ)而是有各種分類系統(tǒng)。在1950年以前，對病毒除病原性以外的其他情況還不太了解，所以只能以引起發(fā)病的寄主為基礎(chǔ)來進(jìn)行分類，一般是采用了動物病毒、植物病毒和昆蟲病毒等的癥狀學(xué)的分類法．鮑登（F．C．Bowden）于1941年提議應(yīng)以質(zhì)粒的性狀為基礎(chǔ)來進(jìn)行病毒的分類。安德魯斯（C．H．Andrews）等采納了這個提議，在病毒之前加上適當(dāng)?shù)慕宇^詞，而將之分為粘病毒、痘病毒、皰疹病毒等類群．但與此同時流行病學(xué)家又以感染的傳播途徑為基礎(chǔ)而分為呼吸道病毒、消化道病毒、節(jié)肢動物介體病毒等類群．因為這種分類法在流行病學(xué)上有實用價值，所以沿用至現(xiàn)在．現(xiàn)在分類體系的基礎(chǔ)是羅弗（A．Lwoff）等在1957年創(chuàng)建的．羅弗的動物病毒分類是建立在寄主和病毒質(zhì)粒的各種性狀上。1966年在莫斯科召開的第九屆國際微生物學(xué)會上，國際病毒命名法委員會（ICNV，現(xiàn)稱ICPV）決定的：（1）將來采用雙名法；（2）不承認(rèn)命名的優(yōu)先權(quán)；（3）不使用人名；（4）命名拼寫采用新縮寫法（sigla）．確定不使用復(fù)合名詞的方針，從而否定了羅弗所主張的以寄主為基礎(chǔ)的分類法，而是采用以病毒粒子的物理化學(xué)性質(zhì)為基礎(chǔ)的分類法。但也有人批評這個委員會的命名法忽視了“方便的習(xí)慣用語”，后幾經(jīng)修正才發(fā)展到今天。無脊椎動物病毒一般是指以無脊椎動物為主要寄主的病毒，但也有能在脊椎動物和植物體內(nèi)增殖的病毒。另外在以無脊椎動物為寄主的病毒中，也有在形態(tài)等方面與脊椎動物病毒極其相似的（例如昆蟲痘病毒），所以在這方面是很難把它嚴(yán)格地區(qū)分開來。在病毒的分類方法中，有貝爾戈爾德（G．H．Belgold）等于1960年提出的根據(jù)有無包涵體以及其所在部位等為指標(biāo)的分類法；有P．Wildy于1971年提出的與脊椎動物分類法極為相近的病毒分類法；也有川瀨茂實等于1972年提出的加入表示核酸等的分類法，此外還有其他一些分類法等。除昆蟲以外的無脊椎動物病毒由于寄主的多樣性，還有許多沒有充分地研究，至今還無定論的。植物病毒的分類由ICNV（現(xiàn)在稱為ICPV）的植物病毒分會提出以下四項為指標(biāo)分類試行方案：（1）在植物寄主內(nèi)的動態(tài)；（2）病毒質(zhì)粒的性狀；（3）病毒質(zhì)粒的成份；（4）與傳播媒介的關(guān)系。此外還有霉菌類的青霉病毒（Penicillium virus）等的真菌噬菌體（My cophage）、曲霉病毒（Aspergillus virus）等．關(guān)于細(xì)菌噬菌體方面，在同一植物病毒分科會上提出各以核酸、形態(tài)為指標(biāo)的兩種方案，但也有人認(rèn)為這樣的分類法在生物學(xué)上并無多大意義。1966年在莫斯科召開的第九次國際微生物學(xué)會國際病毒命名委員會（ICPV）發(fā)起，以病毒粒子的理化性狀作為分類的依據(jù)。病毒的分類參照前面的附表。