從生物化學觀點對生物群進行比較研究的分支。在進行比較時，生物化學的適應(yīng)性雖是其中心概念，但對個體發(fā)生和生物進化方面也是有用的。用作比較對象的有下列各方面：（1）代謝系統(tǒng)（例如，細菌的發(fā)酵類型和進化親緣關(guān)系及脊椎動物氮的排泄。）；（2）個別代謝產(chǎn)物（動物的磷酸原、棘皮動物特有的類固醇化合物、植物的精油成分）；（3）酶等蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)與功能、免疫學的相似性、物理化學的性質(zhì)（如呼吸色素，同工酶）；（4）蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)及其排列順序；（5）遺傳因子DNA本身的比較。據(jù)認為，上述第（4）項在討論系統(tǒng)發(fā)生時至為重要。對于細胞色素C、血紅蛋白、血纖維蛋白肽等方面的研究較多。分子中每個氨基酸被看成是獨立性狀，并開始嘗試用統(tǒng)計方法來處理。與生理功能有關(guān)的方面，有水生生物和陸生生物、淡水生物和咸水生物及營養(yǎng)類型等的比較研究。