目前PCR實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)應(yīng)分三個(gè)區(qū)域，試劑準(zhǔn)備區(qū)、核酸制備區(qū)和PCR擴(kuò)增區(qū)，實(shí)驗(yàn)室分區(qū)的主要目的是避免純化核酸和擴(kuò)增產(chǎn)物逆向污染前一個(gè)區(qū)域，但多年的經(jīng)驗(yàn)表明，無論是三區(qū)還是四區(qū)的設(shè)置，似乎都沒有完全杜絕實(shí)驗(yàn)室污染的發(fā)生。
那么PCR實(shí)驗(yàn)室究竟應(yīng)如何建設(shè)才能有利于污染的預(yù)防和有效清除？
其實(shí)污染就是PCR擴(kuò)增管中摻入了原來樣本不存在的擴(kuò)增核酸，那么這個(gè)不受歡迎的核酸是怎么來到PCR擴(kuò)增管里的？如果排除試劑盒、儀器和人員操作等環(huán)節(jié)，核酸氣溶膠和灑落的樣本與核酸的清除是實(shí)驗(yàn)室建設(shè)應(yīng)該重點(diǎn)考慮的環(huán)節(jié)。
實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)首先要有通風(fēng)設(shè)置，通風(fēng)是PCR實(shí)驗(yàn)室建設(shè)應(yīng)該考慮的基本條件，如果采用封閉彩鋼板建設(shè)的實(shí)驗(yàn)室，應(yīng)進(jìn)行壓差設(shè)置，即自試劑準(zhǔn)備室、核酸制備室到擴(kuò)增室依次呈負(fù)壓，但清潔新風(fēng)應(yīng)從室外引進(jìn)，新風(fēng)過濾網(wǎng)應(yīng)定期更換，否則便成為污染的來源。其次是實(shí)驗(yàn)室墻面和地面具有防水功能，也就是墻面和地面可以水洗！每個(gè)房間設(shè)置地漏，方便實(shí)驗(yàn)室的清潔，當(dāng)實(shí)驗(yàn)室污染發(fā)生時(shí)，即可使用“水洗實(shí)驗(yàn)室”的方法有效清除污染，清除過程使用的是0.2%有效氯溶液，它不但有效斷裂核酸片段，而且還具有淬滅熒光基團(tuán)，有利于PCR實(shí)驗(yàn)室熒光本底的去除。但過量使用反而會(huì)影響試劑擴(kuò)增效率。消毒清洗后應(yīng)該使用自來水或清潔水進(jìn)行再次清洗，特別是設(shè)備表面。實(shí)驗(yàn)室空氣中的污染清除，可以用有效氯溶液進(jìn)行噴霧。 
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