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擴(kuò)展 | 微生物基因組學(xué)研究的基礎(chǔ)知識

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2023-12-26
核心提示: 此文章為高通量基因組學(xué)研究的基礎(chǔ)知識內(nèi)容,希望可以幫助初步涉入基因組學(xué)研究的人員答疑解惑。本篇內(nèi)容以問答的形式,為
 此文章為高通量基因組學(xué)研究的基礎(chǔ)知識內(nèi)容,希望可以幫助初步涉入基因組學(xué)研究的人員答疑解惑。本篇內(nèi)容以問答的形式,為大家?guī)砘蚪M分析中常見的基礎(chǔ)知識,希望對大家有所幫助。

 

Q1:什么是DNA?

DNA,是脫氧核糖核酸(Deoxyribo Nucleic Acid)的簡稱,是人體染色體重要組成部分之一。

在真核生物鐘,DNA是和組蛋白結(jié)合成染色體結(jié)構(gòu)存在于細(xì)胞核的核基質(zhì)中,少量的DNA是以小型環(huán)狀DNA存在于葉綠體和線粒體中。

在原核生物匯總,DNA分布在擬核中,此外,細(xì)胞質(zhì)中還有小的環(huán)狀DNA分子,稱為質(zhì)粒。

 

Q2:DNA由什么組成?

DNA分子結(jié)構(gòu)中,兩條多脫氧核苷酸鏈圍繞一個共同的中心軸盤繞,構(gòu)成雙螺旋結(jié)構(gòu)。脫氧核糖-磷酸鏈在螺旋結(jié)構(gòu)的外面,堿基朝向里面。兩條多脫氧核苷酸鏈反向互補(bǔ),通過堿基間的氫鍵形成的堿基配對相連,形成相當(dāng)穩(wěn)定的組合。

 

Q3:什么是核苷酸?

核苷酸是核糖核酸及脫氧核糖核酸的基本組成單位,是體內(nèi)合成核酸的前身物。在形成穩(wěn)定螺旋結(jié)構(gòu)的堿基對中共有4種不同堿基。根據(jù)它們英文名稱的首字母分別稱之為A(ADENINE 腺嘌呤)、T(THYMINE 胸腺嘧啶)、G(GUANINE 鳥嘌呤)、C(CYTOSINE 胞嘧啶)。每種堿基分別與另一種堿基的化學(xué)性質(zhì)完全互補(bǔ),這樣A總與T配對,G總與C配對,轉(zhuǎn)錄時A與U配對。

 

Q4:DNA雙鏈的正/反是怎么決定的?

把堿基序列與mRNA一致的核酸單鏈定為正鏈, 不作模板轉(zhuǎn)錄, 也稱為有義鏈(sense strand), 又稱編碼鏈(coding strand)。將堿基序列與mRNA互補(bǔ)的核酸單鏈定為負(fù)鏈, 作為模板轉(zhuǎn)錄, 也稱為反義鏈(antisense strand)或模板鏈(template strand) 。

 

Q5:正鏈等于正義鏈,反鏈等于反義鏈嗎?

/反鏈所指為DAN雙鏈中哪一條鏈,正義/反義鏈所指的為一條鏈上序列的方向。

 

Q6:基因組是什么?

基因組一般是單倍體細(xì)胞中的全套染色體為一個基因組,或是單倍體細(xì)胞中的全部基因?yàn)橐粋基因組?墒腔蚪M測序的結(jié)果發(fā)現(xiàn)基因編碼序列只占整個基因組序列的很小一部分,因此,基因組應(yīng)該指單倍體細(xì)胞中包括編碼序列和非編碼序列在內(nèi)的全部DNA分子。

在分子生物學(xué)和遺傳學(xué)領(lǐng)域,基因組是指生物體所有遺傳物質(zhì)的總和。這些遺傳物質(zhì)包括

DNA或RNA(病毒RNA)基因組包括編碼DNA和非編碼DNA、線粒體DNA和葉綠體DNA。

基因組分為病毒基因組、原核基因組以及真核基因組。

 

Q7:DNA測序是什么?

DNA測序是指利用一定的實(shí)驗(yàn)室方法分析特定DNA片段的堿基序列,也就是腺嘌呤、鳥嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶在特定DNA片段的排列方式。

DNA測序即測定DNA序列的技術(shù),用DNA測序儀等儀器對已提純的DNA單鏈或者雙鏈DNA進(jìn)行分析,得到腺嘌呤、鳥嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶在特定DNA片段的排列方式。在分子生物學(xué)研究中,DNA測序?yàn)檫M(jìn)一步研究和改造目的基因提供了科學(xué)基礎(chǔ)。

DNA測序有助于了解人類基因組、其他動物、植物和微生物的完整DNA序列,為進(jìn)一步研究和改造目的基因提供了科學(xué)基礎(chǔ),極大地推動了生物學(xué)和醫(yī)學(xué)的研究及發(fā)現(xiàn);近幾年來已經(jīng)快速應(yīng)用在眾多領(lǐng)域,如疾病診斷、微生物鑒定、法醫(yī)生物學(xué)、生物技術(shù)、生物系統(tǒng)學(xué)中,不斷造福人類。

 

Q8:全基因組測序是什么?

全基因組測序,即是對生物體整個基因組序列進(jìn)行測序,測序結(jié)果包含完整豐富的信息,對比其他的測序方式具有獨(dú)特的優(yōu)勢。且隨著近年來測序技術(shù)的不斷進(jìn)步、測序成本的不斷降低,使得全基因組測序變得觸手可及,所以WGS逐漸成為了臨床和基礎(chǔ)研究的主要選擇。

編輯:songjiajie2010

 
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